Le coeur est une chose bien mystérieuse. Lorsqu'un être s'abandonne aux Ténèbres, celui-ci est séparé de son coeur pour devenir un monstre sans âme. On apelle ces créatures des sans-coeurs. Lorsqu'un humain possède un coeur assez fort, il ne crée pas seulement une créature issue des Ténèbres... Un simili apparait alors pour remplaçer l'humain en question, gardant ainsi tout les souvenirs de sa vie d'avant.
Xemnas est donc la pâle copie d'un homme dont le nom était "Xehanort". Ce dernier était un brillant scientifique qui faisait des recherches sur le coeur, et surtout Kingdom Hearts. Aidés de cinq autres camarade rassemblés au cours de ses recherches et dirigé par un maître, L'homme en question apprit bien des choses sur l'objet de ses recherches.

Les jours passèrent ainsi durant lequel Xehanort étudait d'arrache pied. Pourtant, son mentor, Ansem, commença à avoir quelques doutes sur la finalité de leur projet. Il mit ses disciples au courant des problèmes que cela allait engendrer dans l'espoir que ces recherches seraient stoppées. Malheureusement ce ne fut pas vraiment le cas et bientôt le vieillard fut exilé dans le monde des Ténèbres par personnes d'autres que ses protégés. Ces derniers continuèrent de travailler sur les coeurs, jusquà ce que les craintes d'Ansem le sage se concrétisent; Xehanort, Braig,Dylan,Even et Ienzo perdirent leur coeurs. Comme ces derniers étaient puissants, les hommes libérèrent un sans-coeur ainsi qu'un simili. Comprenant leurs erreurs pour la plupart d'entre eux, ces derniers créèrent l'Organisation XIII. Leur but ? Retrouver un coeur au moyen du Kingdom Hearts. Mais être apellé par un nom comportant un nombre signifiaient qu'ils devaient trouver encore d'autre membres pour arriver au treize de leur groupe...

Pour se faire les membres fondateurs décidèrent de changer de noms en ajoutant un X dans le mélange des lettres de leur apellation. Xemnas naquit donc à ce moment là de même que les autres membres de l'Organisation XIII. Durant presque dix ans ces derniers cherchaient des membres ainsi qu'un moyen de faire apparaître ce qu'ils convoitaient depuis si longtemps.
Malheureusement pour cela il fallait collecter des coeurs pour le faire, aussi il fallait impérativement trouver une solution au problème. C'est ainsi que le Supérieur apprit l'existance d'une arme en forme de clé qui serait capable d'extraire les coeurs retenu par ses créatures bas de gamme, les sans-coeurs. Si en théorie trouver un porteur de la keyblade était facile, en pratique cela l'était nettement moins. En effet, seul des élus pouvaient se voir en manier une. Heureusement pour Xemnas quelqu'un s'avéra la manier; Sora.

Le maître des XIII ne perdit donc pas de temps et surveilla le périple de ce porteur de la keyblade dans l'ombre. Il su dès à présent qu'il lui serait plus qu'utile afin d'arriver à son rêve de conquête. Car si la raison première des treize était de retrouver un coeur, ce n'était pas réellement le cas de Xemnas. En effet, ce qu'il voulait était simplement le pouvoir de ce dernier... Chose que désirait en réalité le vrai Xehanort. Bref, le simili se rendit compte que Sora avait battu pour finir le sans-coeur du maître de la keyblade, cette bête copie de Xehanort des Jardins Radieux qui se faisait passer pour le maître des lieux, celui qui avait donné naissance à Xemnas et Ansem lors de la perte de son coeur...

Sora avait également sacrifié son coeur pour libérer celui d'une gamine de son monde d'origine... Et il avait créé un simili en plus de cela ! Profitant de l'occasion, Xemnas s'était rendu à la cité du Crépuscule afin de retrouver la création du porteur de la keyblade... Comme il venait de s'éveiller ce dernier ne disait rien du tout. Pourtant il écouta attentivement le nom que lui donna le Supérieur. Roxas fut donc le dernier membre à rejoindre les vrais XIII, Xion étant juste une pâle copie créée à partir des souvenirs de Sora concernant Kairi... Désormais en possession de deux porteurs de la clé, Xemnas pouvait enfin savourer le début de son plan. Car les deux nouveaux membres savaient utiliser la keyblade. L'apparition de Kingdom Hearts ne serait plus qu'une questions de jours, voir même de mois avant de n'être plus qu'une utopie espérée par un être avide de pouvoir...Oui, bientôt cela allait être enfin possible de faire apparaître Kingdom Hearts.

Xemnas avait envoyé quelques membres du groupe au Manoir Oblivion, lieu qui avait été les Contrées du Départ bien avant de devenir ce lieu d'une blancheur immaculée. Malheureusement, le Supérieur dû les faire revenir, on ne sait pas trop la raison. Par ailleurs, pour un autre détail étrange, tout le monde à part Sora et l'Organisation XIII perdirent tout leurs souvenirs concernant le porteur de la clé. Xemnas en profita donc pour demander à Xigbar d'aller kidnapper Kairi, avant qu'un drôle de clown viennent les voir pour proposer un genre d'alliance. Si Xemnas était séduit par l'avide envie de détuire de Kefka, il commença tout de même à garder un oeil sur lui, et pour cause, il parvint à faire évader Kairi, dont le groupe perdit rapidement la trace.

Par ailleurs, un autre événement ajoutant un peu de stress au Supérieur - si évidemment il pouvait être stressé - fut l'apparition soudaine de la Maîtresse de la keyblade nommé Aqua, qui était revenue du Realm Of Darkness d'une façon plutôt étrange puisque personne excepté lui était apte à le faire. Désormais, il était peut-être mieux pour le simili de Xehanort de garder un oeil sur l'évolution de ces choses là, histoire que ses plans si finement élaborés de puissent plus être un fiasco total. Donc, retrouver Kairi et surtout Aqua qui serait un vilain grain de sable dans les projets en cours, tandis que le groupe continuera à surveiller les actions du Porteur de la Keyblade.